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條次
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條文提要
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處理措施
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五
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加速折舊
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九十八年十二月三十一日前購置合於本條規定之儀器設備或機器設備，且依本條例施行細則第九條規定，於開始提列折舊之年度辦理營利事業所得稅結算申報前，取得目的事業主管機關之證明文件者，得適用之。
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六
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(一)依第一項規定購置之設備或技術投資抵減
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１、 九十八年十二月三十一日前訂購，並於訂購之次日起二年內交貨者，得適用之。
２、 有關訂購及交貨日期之認定，依本條例第六條第四項規定訂定之各業別投資抵減辦法所定訂購及交貨期限相關規定辦理。
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(二)依第二項規定支出之公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減
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九十八年十二月三十一日前支出，且依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法第八條規定，於辦理九十八年年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並依法檢附有關證明文件，送公司所在地之稅捐稽徵機關核定者，得適用之。
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七
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資源貧瘠或發展遲緩鄉鎮地區投資抵減
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九十八年十二月三十一日前依公司投資於資源貧瘠或發展遲緩鄉鎮地區適用投資抵減辦法第六條規定擬具投資計畫申請備案，其後經當地縣政府同意，且依法完成投資計畫者，得適用之。
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八
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新興重要策略性產業股東投資抵減
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於九十八年十二月三十一日前向目的事業主管機關申請核發符合新興重要策略性產業核准函，其後依相關獎勵辦法完成計畫者，得適用之。
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九
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新興重要策略性產業五年免徵營利事業所得稅
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九之一
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科學工業免徵進口稅捐及營業稅
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具科學工業資格，且於九十八年十二月三十一日前向經濟部工業局申請專案認定進口國內尚未製造自用之機器設備證明文件，且於九十八年十二月三十一日前進口者，得適用之。
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九之二
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製造業及其相關技術服務業五年免徵營利事業所得稅
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於本條規定期限內新投資創立或增資擴展，並依相關獎勵辦法向經濟部工業局申請者，得適用之。
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十
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免徵營利事業所得稅之公司，於免稅期間將其受免稅獎勵設備或應用軟體轉讓與其他事業繼續享受
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符合前揭本條例第八條、第九條之處理措施者，仍得適用。
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十一
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中華民國國民發明之專利權提供或出售予境內公司使用，其取得之收入百分之五十免計入綜合所得額課稅
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九十八年十二月三十一日前提供或出售，且依本條例施行細則第二十三條第二項及第三項規定，向目的事業主管機關申請核發證明文件，並於辦理綜合所得稅結算申報前，取得目的事業主管機關之證明文件者，得適用之。
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十二
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國外投資損失準備
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九十八年十二月三十一日前已實行投資，且依本條例施行細則第二十五條及公司提撥國外投資損失準備處理辦法第七條規定，向經濟部投資審議委員會申請核准，或於實行投資後六個月內申請備查，並於實行國外投資年度營利事業所得稅結算申報時，申報提撥國外投資損失準備者，得適用之。
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十三
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(一)僑外個人或營利事業投資所取得之股利或盈餘按百分之二十扣繳
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經核准投資於符合本條規定之事業，於九十八年十二月三十一日前取得該公司所分配股利或合夥人應分配盈餘者，得適用之。
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(二)僑外個人擔任事業之董事、監察人或經理人，於境內居留天數合計超過一百八十三天者，所取得之股利按百分之二十扣繳所得稅
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經核准投資於符合規定之事業，並擔任該事業之董事、監察人或經理人，於九十八年十二月三十一日前自該事業所分配之股利，得適用之。
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十四
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外國董事、經理人及技術人員，於境內居留期間合計不超過一百八十三天，其境外給與之薪資不視為中華民國來源所得
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九十八年一月一日至九十八年十二月三十一日間，在我國境內居留期間合計不超過一百八十三天，且符合所定要件者，其於九十八年十二月三十一日前取得該外國營利事業在中華民國境外給與之薪資所得，得適用之。
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十四之一
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外國營利事業境內物流配銷中心免徵營利事業所得稅
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九十八年十二月三十一日前之所得，且於辦理九十八年度營利事業所得稅結算申報期限截止日前，取得經濟部工業局核發符合國際物流配銷中心證明函，並依外國營利事業來臺設立國際物流配銷中心獎勵實施辦法第六條規定，檢附相關文件向所在地稅捐稽徵機關申辦免納營利事業所得稅者，得適用之。
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十五
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公司專案合併
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九十八年十二月三十一日前依公司申請專案核准合併審查辦法第二條規定，向經濟部申請專案合併者，得適用之。
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十六
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公司土地轉投資之土地增值稅記存
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九十八年十二月三十一日前依本條例施行細則第三十五條規定，向土地所在地直轄市或縣（市）政府申請者，得適用之。
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十七
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公司因遷廠於工業區，土地增值稅減免
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九十八年十二月三十一日前依本條例施行細則第三十七條規定，向經濟部申請核定者，得適用之。
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十八
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營利事業辦理資產重估之增值不作收益課稅
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１、 九十八年十二月三十一日前依所得稅法規定辦理資產重估價者，其增值，得適用之。
２、 九十九年一月一日以後辦理資產重估價者，不適用；其增值依所得稅法第六十一條及營利事業資產重估價辦法第三十六條規定辦理。
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十九
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公司發行股票溢價作為公積，免計入營利事業所得額課稅
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１、 九十八年十二月三十一日前發行股票溢價作為公積者，得適用之。
２、 九十九年一月一日後股份有限公司發行股票溢價作為資本公積者，不適用；其營利事業所得額依營利事業所得稅查核準則第三十條規定辦理。
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十九之一
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公司員工以其紅利轉作服務產業之增資，採面額課徵所得稅
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九十八年十二月三十一日前員工取得以紅利轉增資之股票者，得適用之。
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十九之二
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個人或營利事業以專利權或專門技術作價入股，所取得之股份得緩課所得稅
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１、 九十八年十二月三十一日前作價抵繳股款，且依本條例施行細則第三十七條之三規定，經經濟部認定符合者，得適用之。
２、 作價抵繳股款之時點，屬新設之公司，以公司設立登記完成日為準；屬增資之公司，以資本額完成變更登記之日為準。
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十九之三
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個人或營利事業以專利權或專門技術作價取得認股權憑證，得緩課所得稅
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九十八年十二月三十一日前，經董事會以董事三分之二以上之出席，及出席董事過半數同意之決議，發行認股權憑證者，得適用之。
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十九之四
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股東於公司辦理減資彌補虧損收回原取得符合八十九年一月一日本條例修正施行前，或獎勵投資條例規定之緩課股票時，按減資日收盤價格或資產淨值與股票面額，擇低計算所得課稅
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九十九年一月一日後股東於公司辦理減資彌補虧損收回符合八十九年一月一日本條例修正施行前，或原獎勵投資條例規定之緩課股票者，得適用之。
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二十
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營利事業承接政府委託之研究發展計畫，免納營業稅
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１、 九十八年十二月三十一日前承接並符合本條例之立法目的，限於為促進產業升級、健全經濟發展前提下之研究發展計畫，得適用之。
２、 各委託機關應參照行政院所屬各機關委託研究計畫管理要點第三點規定，就個案委託研究計畫性質予以認定。
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二十之一
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買賣公司債及金融債券，免徵證券交易稅
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九十八年十二月三十一日前買賣公司債及金融債券者，得適用之。
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七十之一
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營運總部自國外關係企業取得之管理服務、研發服務、權利金、投資收益及處分利益等所得，免徵營利事業所得稅
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九十八年十二月三十一日前自國外關係企業取得之所得，且於辦理九十八年度營利事業所得稅結算申報期限截止日前，取得經濟部工業局核發之符合營運總部營運範圍證明函，並依企業營運總部租稅獎勵實施辦法第四條規定，檢附相關文件向所在地稅捐稽徵機關申請適用營運總部租稅獎勵者，得適用之；營運總部企業採非曆年制者，其符合第七十條之一規定之相關所得，得依比率給予免徵營利事業所得稅。
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